Územní systém ekologické stability (ÚSES) je nepravidelná síť ekologicky významných částí krajiny (ať už přirozených nebo pozměněných, ale přírodě blízkých ekosystémů), které pomáhají udržovat přírodní rovnováhu. Skládají se z biocenter a biokoridorů, podle významu rozlišujeme místní (lokální), regionální a nadregionální ÚSES.

Nadregionální biocentra a biokoridory

Nadregionální biocentrum Soutok o přibližné výměře 3500 ha tvoří niva řek Moravy a Dyje se slepými rameny původního toku i uměle zbudovanými vodními kanály, okolním lužním lesem, loukami a mokřady.

Z tohoto nadregionálního biocentra vycházejí dva nadregionální biokoridory:

  • Nadregionální biokoridor Soutok – Údolí Dyje jde severozápadním směrem, územím CHKO prochází v celkové délce 22 km a jedná se o biokoridor vodní – nivní. 
  • Nadregionální biokoridor Chropyňský luh – Soutok jde směrem severovýchodním v délce zhruba 21 km a je taktéž vodní – nivní. Oba nadregionální biokoridory mají dvě souběžné osy (vodním tokem a okolní nivou) a jsou do nich vložena regionální biocentra.

Regionální biocentra a biokoridory

  • Regionální biocentrum Lubeš s rozlohou asi 70 ha zahrnuje meandrující tok potoka i deprese se stagnující vodou, okolní převážně lužní les, částečně lužní louky a mokřady. 
  • Regionální biokoridor Hlohovecké rybníky – Lubeš o délce 2 km z něj vychází západním směrem a vede podél potoka Včelínek k mokřadnímu nadregionálnímu biocentru Hlohovecké rybníky (již mimo území CHKO). 
  • Regionální biocentrum Pastvisko o rozloze asi 75 ha tvoří ze dvou třetin lužní les a ze třetiny mokřad s vodní hladinou. 
  • Regionální biocentrum Křivé jezero zasahuje do CHKO na její severní hranici, přímo v CHKO Soutok leží pouze jeho východní část za tokem Dyje (zbytek je již v CHKO Pálava). Jedná se o slepé rameno s břehovými porosty vedle levého břehu Dyje, lužní louky a les. 
  • Regionální biocentrum Tvrdonice je vloženo do nadregionálního biokoridoru Chropyňský luh – Soutok. Je tvořeno lužním lesem o rozloze 80 ha se zbytkem vodního kanálu se stagnující vodou. 

Regionální biocentrum Mikulčice s rozlohou 170 ha tvoří porosty lužního lesa s přírodě blízkou druhovou skladbou a bohatým bylinným patrem, dále tu jsou polokulturní nivní louky. Součástí tohoto regionálního biocentra je i přírodní rezervace Skařiny nebo archeologické naleziště Národní památník Mikulčice.

Lokální biocentra jsou vybrána tak, aby reprezentovala celou pestrost přírodních stanovišť a jim odpovídajících společenstev.