Od 1. července 2025 je 125 km² nivy řek Moravy a Dyje chráněno jako chráněná krajinná oblast Soutok. Někteří lidé od vyhlášení CHKO očekávali zastavení těžby dřeva, přísnou ochranu přírody a omezení lidských aktivit. Jiní se naopak obávali zákazů a omezení, např. vstupu do krajiny, sběru medvědího česneku nebo rybaření. Vyhlášení CHKO však neznamená plošný zákaz lidské činnosti ani přeměnu celého území v bezzásahovou divočinu. Cílem je skloubit ochranu jedinečné přírody a krajinného rázu Soutoku s potřebami místních obyvatel, hospodářů a návštěvníků této unikátní krajiny, kterou po staletí člověk spoluvytvářel. 

Správa CHKO Soutok, která je součástí Agentury ochrany přírody a krajiny ČR (AOPK ČR), plní dvě hlavní role: vykonává státní správu v ochraně přírody a zajišťuje odbornou péči o území. Její pravomoci vycházejí především ze zákona č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny.

Chráněné krajinné oblasti se v porovnání s národními parky výrazně liší jak svou strukturou, tak počtem zaměstnanců. Národní parky mají vlastní právní subjektivitu, samostatné financování, radu národního parku, projektové oddělení, profesionální stráž přírody, informační centra, zaměstnance na práci s veřejností a především hospodaří s lesy ve vlastnictví státu. Chráněné krajinné oblasti mají naopak výrazně nižší počet zaměstnanců (CHKO Soutok má v současnosti 9 zaměstnanců), nicméně ve většině nehospodaří s lesy ve vlastnictví státu a právní subjektivitu má Agentura ochrany přírody a krajiny ČR, která přidělené finanční prostředky spravuje a přerozděluje na svá regionální pracoviště.

Jednou z důležitých činností Správy je posuzování záměrů, které mohou ovlivnit přírodu a krajinu. Podle konkrétní situace vydává závazná stanoviska, souhlasy nebo rozhodnutí, například v souvislosti s umisťováním staveb, terénními úpravami či zásahy do přírodních stanovišť. Smyslem těchto postupů není automaticky všechny záměry zakazovat, ale zajistit, aby plánované činnosti respektovaly hodnoty, kvůli kterým je území chráněno.

Správa se zabývá také ochranou zvláště chráněných rostlin, živočichů a jejich biotopů. V zákonem vymezených případech a při splnění konkrétních podmínek může udělovat výjimky ze zákonných zákazů. Nejde přitom o automatické upřednostnění jiných zájmů před ochranou přírody. Každá žádost se posuzuje individuálně na základě konkrétních okolností a v souladu s právními předpisy.

Stejně důležitá je odborná péče o krajinu a její přírodní hodnoty. Základním koncepčním dokumentem pro tuto činnost je plán péče. Ten pro CHKO Soutok prošel rozsáhlým procesem přípravy i zapracování připomínek a byl schválen Ministerstvem životního prostředí. Kompletní znění schváleného plánu péče naleznete v Ústředním seznamu ochrany přírody (DRUSOP).

Praktická péče Správy o území CHKO Soutok je založena na spolupráci s vlastníky pozemků, obcemi, lesníky, zemědělci, vodohospodáři, odborníky i nevládními organizacemi. Správa CHKO Soutok finančně přispívá na šetrnější způsoby hospodaření (např. fázovanou seč), ořezy významných dřevin namísto kácení, likvidaci invazních druhů, nebo podporuje výsadby dřevin a budování návštěvnické infrastruktury. Správa také podporuje šetrnější způsoby hospodaření v lesích. Lesy v CHKO jsou obhospodařovány od pradávné historie a upuštění od péče by znamenalo pro některé druhy zkázu a ztrátu kvality stanovišť. Oproti národním parkům však lesy i nadále obhospodařují Lesy České republiky. Činí tak na základě schválených lesních hospodářských plánů, ke kterým se Správa CHKO vyjadřuje v rozsahu svých zákonných kompetencí. Každoročně se zaměstnanci Správy CHKO a LČR scházejí nad těžebními projekty a upravují je tak, aby byly v souladu s ochranou tohoto území. Některé zásahy v lesích, jako je např. postupná obnova v nejcennějších dubových porostech nebo ponechání biologicky hodnotných stromů na pasekách, jsou vyznačovány ve spolupráci s lesním závodem. Samotné práce jsou pak realizovány v režii LČR.

Správa také administruje náhrady újem za omezení při lesním a zemědělském hospodaření z důvodu ochrany přírody a přispívá na šetrnější lesní a zemědělské hospodaření.  

Povolení ke kácení dřevin rostoucích mimo les zpravidla vydává příslušný obecní úřad. V některých případech jako např. v maloplošných zvláště chráněných územích a jejich ochranných pásmech však může být příslušný jiný orgán ochrany přírody. Pokud se na dřevině vyskytují zvláště chráněné druhy nebo by zásah mohl ovlivnit jejich stanoviště, mohou být navíc potřebné výjimky podle zákona.

Vodní hospodářství, nakládání s odpady, ochrana zemědělského půdního fondu a další oblasti mají vlastní pravidla a příslušné správní orgány. Obce si nadále zachovávají své samosprávné pravomoci. Správa CHKO s těmito institucemi spolupracuje, aby se při rozhodování zohledňovala také ochrana přírody.

Správa CHKO vykonává kompetence také v maloplošných zvláště chráněných územích, kde jsou chráněny hodnoty vyžadující vyšší stupeň ochrany. Příkladem je národní přírodní rezervace Lanžhotské pralesy, kde je prioritou zachování samovolného vývoje. Zde platí např. zákaz vstupu mimo vyznačené cesty, a to nejen kvůli ochraně přírodních procesů, ale i z důvodu bezpečnosti a vysokého rizika pádu stromů či větví, nebo pro zajištění klidu na významných nocovištích a zimovištích zvláště chráněných ptačích druhů. Mimo tato území pak může Správa CHKO v případě potřeby omezit hospodářské práce nebo pohyb veřejnosti i kdekoliv v obvodu své působnosti. Často jde o časově omezená opatření v konkrétním termínu,  například z důvodu zahnízdění druhů citlivých na vyrušování. Pro návštěvníky je tak důležité respektovat značení, místní omezení a přírodní prostředí. I zdánlivě drobné zásahy mohou mít v citlivé nivní krajině dopad na krajinný ráz, rostliny, živočichy nebo jejich stanoviště.

Správa CHKO Soutok není institucí, jejímž úkolem je vydávat zákazy. Jejím posláním je chránit přírodní hodnoty nejvýznamnějšího území lužní krajiny v České republice, odborně plánovat péči o něj a dohlížet na dodržování pravidel ochrany přírody.

Zároveň není jediným aktérem, který rozhoduje o budoucnosti Soutoku. Tu ovlivňují také další příslušné správní orgány, vlastníci pozemků, lesníci, vodohospodáři, zemědělci, obce a jejich občané. Správa CHKO Soutok děkuje všem, kteří se podílí na ochraně jedinečného území na samotném jihu Moravy.